Առաջին ֆիլմի իրադարձություններից անցել է մոտ երեք տարի: Ջեյսոն Բորնը իր սիրելի Մարիայի հետ ապրում են Հնդկաստանի Գոա նահանգում: Բորնին շարունակում են հետապնդել բեռլինի հյուրանոցում կատարված սպանության հիշողությունները:

Այդ ժամանակ Բեռլինում օպերացիա է անցկացնում կենտրոնական հետախուզական վարչությունը: Պամելա Լենդին ցանկանում է երեք միլիոն դոլարի դիմաց ձեռք բերել այսպես կոչված «Նեսկիի ֆայլեր»-ը, որոնք պետք է լուսաբանեին վարչությունից քսան միլիոն դոլարի գողությունը, որը կայացել էր մի քանի տարի առաջ: Ռուս քաղաքական գործիչ Նեսկին պետք է հայտարարեր գողի անունը, սակայն նա սպանվեց բեռլինի հյուրանոցում իր կնոջ կողմից: Այս օպերացիան նույնպես ձախողվում է: Ռուս վարձու մարդասպան Կիրիլը սպանում է վարչության աշխատակցին և վաճառողին, գողանում է փաստաթղթերը գումարի հետ: Նրան վարձել էր ռուս մեծահարուստ Յուրի Գրետկովը: Վերջացնելով իր աշխատանքը Կիրիլը նրան օգնող պայթուցիկ սարքի վրա թողնում է Բորնի մատնահետքերը:

Ժամանելով Գոա՝ Կիրիլր փորձում է սպանել Բորնին: Բորնը նկատում է օտարին և կարողանում է ճիշտ ժամանակին հեռանալ, սակայն Կիրիլը հասցնում է սպանել նրա սիրելիին՝ երիտասարդ Մարիային: Կիրիլը իր հերթին վստահ էր, որ սպանել է Բորնին և կատարել պատվերը: Բորնը ողևորվում է Նեապոլ, հասկանալու համար, թե ինչու է ԿՀՎ-ն կրկին հետապնդում իրեն:

Լենդին հայտնաբերում է, որ պայթուցիկ սարքի վրա թողնված մատնահետքերը համընկնում են «Թրեդսթոուն» նախագծի գործակալներից մեկի մատնահետքերի հետ: Նա թույլատվություն է ստանում օգտվել համակարգի տվյալներից: Նախագծի կառավարիչ Վարդ Էբբոտը և Լենդին ուղևորվում են Բեռլին: